Mê Thần Ký viết về câu chuyện của con cái nhân vật chính trong hai bộ trước, Mộ Dung Tử Hân là con trai của Mộ Dung Vô Phong và Sở Hà Y. Tử Hân anh tuấn hơn người, thông minh tài trí nhưng có một nhược điểm chí mạng là… sợ gián. Cậu đã được cha mình chữa bệnh từ bé nên bệnh tình của Tử Hân không nghiêm trọng như Vô Phong. Với tài trí hơn người, Mộ Dung Tử hân không chỉ tinh thông y thuật mà cậu còn theo mẹ luyện võ công. Từ nhỏ Tử Hân đã núp dưới bóng thiên tài của phụ thân, phụ thân chính là thần tượng của cậu, cũng là đối tượng mà cậu muốn vượt qua. Tử Hân không muốn đi theo con đường phụ thân đã vạch ra mà lại hướng ra giang hồ, làm một thầy thuốc trong giang hồ, thực ra cậu luôn hoang mang, muốn tìm ra con đường đi cho riêng mình.
Đơn độc hành tẩu trên giang hồ và không muốn kết thân với bất kì ai vì Tử Hân luôn bị ám ảnh bới cái chết của Tiểu Mi – cô bé dễ thương đã dạy cậu cưỡi ngựa. Cho đến khi gặp được Tô Phong Nghi, Tử Hân hiểu được mình phải đối diện với chính mình, tha thứ cho bản thân mới có thể có được hạnh phúc.
Không chỉ xoay quanh Mộ Dung Tử Hân, Mê Thần Ký cũng nhắc đến số phận của những nhân vật trong hai phần “Mê Hiệp Ký”, “Mê Hành Ký” và thế hệ tiếp theo của các nhân vật trong hai phần này. Trong đó nổi bật nhất là Mộ Dung Tử Duyệt – cô con gái lớn của Mộ Dung Vô Phong và Đường Hành, con trai thứ của Đường Tiềm và Ngô Du. Mê Hiệp Ký kết thúc cũng là đoạn kết cuối cùng cho cả câu chuyện “Tam Mê Hệ Liệt”.
